S pražskými městy jsou spojeny počátky historické jednoty bratrské, neboť zde vlastně celý příběh této početně nevelké, ale významné, protestantské církve začal. Před odchodem prvních bratří do Kunvaldu ve východních Čechách se totiž právě v Praze v čele s bratrem Řehořem, zvaným Krajčí, vytvořil malý hlouček věřících, kteří se scházeli pod kazatelnou utrakvistického arcibiskupa Mistra Jana Rokycany. Rokycana je také seznámil s Petrem Chelčickým a dalšími, kteří upřímně hledali neotřelé cesty osobní zbožnosti. Když se tomuto pražskému hloučku zdálo, že jim prostředí „velkoměsta“ neumožňuje naplno rozvinout život společenství tak, jak by si představovali, vyjednal jim Rokycana u krále Jiřího z Poděbrad místo v Kunvaldu pod Orlickými horami, kam se někdy v roce 1457 nebo 1458 odebrali. Někteří z nich však v Praze zůstali a pomáhali zde později mnohým dalším nalézt cestu do jednoty. Nebyli to jen řemeslníci, ale také studenti pražské univerzity, kde nacházel životní styl jednoty bratrské odezvu. Přestože byla řada studentů za tyto sympatie pronásledována, někteří z nich byli donuceni odvolat nebo byli vězněni, univerzitní prostředí obohatilo jednotu o osobnosti formátu Lukáše Pražského, lékaře Jana Černého, Vavřince Krasonického, nebo Mistra Havla, označovaného za „průkopníka bratrského školství“. Z Prahy pocházel také syn kloboučníka a pozdější bratrský biskup Jan Augusta, který zde strávil dětství a část jinošského věku, a kde začala i jeho cesta hledání opravdového křesťanství.
Praha byla nejpřednějším z královských měst, ve kterých se až do vydání Rudolfova Majestátu na náboženskou svobodu v roce 1609 nemohl život bratrského společenství rozvíjet naplno jako na panstvích jednotě nakloněné české i moravské šlechty. Již samotný pobyt bratrských kněží v Praze byl pro ně nebezpečný a bratří v pražských městech museli být duchovně obstaráváni z okolních lokalit. Nejprve až z Lenešic u Loun, později z Brandýsa nad Labem, Mladé Boleslavi nebo z Tuchoměřic. Kněží přijížděli do Prahy jen „na skok“ a v soukromých domech konali tajné bohoslužby. Janovi Černému, správci sboru v Brandýse nad Labem před polovinou 16. století, toto počínání později přitížilo. Praha byla centrem českého království a u panovníkova dvora či u zemských úřadů se pohybovala řada přívrženců jednoty z řad šlechty. I takové bylo třeba duchovně zaopatřit, někdy se dovídáme o křtech jejích dětí, které prováděl bratrský kněz.
Situace v Praze se ještě ztížila v době pronásledování, k němuž došlo po potlačení prvního stavovského povstání v roce 1547. Tajná shromáždění byla za pomoci udavačů napadána a jejich účastníci vězněni. Teprve po roce 1575, kdy stavové na českém sněmu jednali o České konfesi a o reformě utrakvistické církve, se bratři dočkali určitého uvolnění. Z této doby pocházejí zprávy o jejich shromažďování ve Spálené ulici, na Šmerhově a na jiných místech. Slibně se vyvíjející jednání o Českou konfesi dávala bratřím naději na celkové uvolnění náboženských poměrů v zemi, až zapomínali na opatrnost a jejich hlasitý zpěv se při bohoslužbách nesl ulicemi, takže je kněží museli nabádat ke zdrženlivosti. Avšak ani následující léta nepřinesla kýžený pokoj. Bratřím nebylo dopřáno založit si v Praze vlastní sbor a členové jednoty museli být nadále spravováni z okolních míst. V poslední čtvrtině 16. století to bylo z nedalekých Tuchoměřic, které náležely rytířské rodině Sluzských z Chlumu. Zde se vytvořil významný sbor se školou a silným hospodářským zázemím, jeho kněží a jáhnové, kterých zde pobývalo až kolem deseti, objížděli stoupence jednoty v Praze i v jejím okolí.
I přes nepřízeň doby přibývalo bratří také v úřadech pražských měst, v institucích zemské správy i mezi zdejší kulturní elitou. K jednotě se hlásil i známý pražský tiskař Daniel Adam z Veleslavína a někteří jeho spolupracovníci. Na přelomu 16. a 17. století se bratři scházeli na několika místech ve Starém i Novém Městě pražském. Opakované stížnosti docházely do konzistoře na dům jejich podporovatele pana Hrzána z Harasova a pražský arcibiskup, když si na ně stěžoval u císaře, záměrně přeháněl jejich počet. Ještě na začátku 17. století zažili bratří krátké pronásledování, tehdy se jich zastal Václav Budovec z Budova. Avšak doba již byla nakloněna pronikavým změnám. Protestantským stavům se podařilo v roce 1609 vymoci na císaři Rudolfovi II. vydání Majestátu na náboženskou svobodu, který se vztahoval i na jednotu bratrskou. Musela se formálně přiznat k České konfesi, ale udržela si vlastní církevní správu a širokou autonomii v rámci utrakvistické církve.
Teprve po roce 1609 jednota mohla konečně i v Praze konat zcela svobodně své bohoslužby. Bylo to pochopitelně spojeno se starostmi o získání trvalého zázemí, neboť pražský českojazyčný sbor, který čítal již dva roky před vydáním Majestátu více než 400 členů, se v době náboženské svobody pravděpodobně ještě o něco rozrostl. Bratrský biskup Matěj Cyrus, který dohlížel na sbory ve větší části středních Čech, jižních Čechách a v části Vysočiny, byl současně členem utrakvistické konzistoře s titulem „senior“ a měl svoje sídlo v Betlémské kapli, kde se současně konaly i bratrské bohoslužby. Kapli však měla jednota jen pronajatou na základě zvláštní smlouvy s univerzitou a svůj vlastní chrám si opatřila až po několika letech. V Praze se již dříve vytvořil i sbor, v němž se sloužily bohoslužby v německém jazyce. Spravoval jej Jan Korvín, původem z Lanškrouna. Patřili k němu lidé spojení s pražským panovnickým dvorem, někteří umělci, obchodníci, či diplomaté. Ačkoliv je podle jazyka bohoslužeb běžně označován za „německý“, jeho členové byli různých národností. Sbor se scházel nejprve na Starém městě u sv. Benedikta, později si pronajal kapli Božího těla na dnešním Karlově náměstí a konečně v roce 1618 si oba pražské sbory na svoje náklady přestavěli kostelík sv. Šimona a Judy na Starém městě, který jim jako zchátralý zakoupil a i s přilehlým domem daroval Václav Vilém z Roupova. Teprve v červnu 1620, tedy nedlouho před bělohorskou bitvou, byl kostel za přítomnosti biskupa Matouše Konečného slavnostně otevřen.
Význam pražských sborů v době po vydání Rudolfova Majestátu pochopitelně vzrostl a Praha se v době mezi lety 1609‒1620 pravidelně stávala dějištěm diecézních setkání a ordinačních shromáždění. Na jednom takovém byl v roce 1616 ordinován na jáhna i Jan Amos Komenský, jak vyplývá z dopisu přerovského biskupa Jana Laneckého, který se dochoval v boleslavském archivu Matouše Konečného. V letech následujících po porážce stavovského povstání však byla jednota v Praze, podobně jako i na jiných místech Čech i Moravy, rozprášena. Její duchovní se nějaký čas ukrývali, sborový majetek byl zkonfiskován a převeden pod správu katolických institucí. Když se poměry v zemi nelepšily, rozhodlo se vedení jednoty pro odchod do exilu. Spolu s duchovními odešla za hranice postupně i velká část členů obou sborů, které ještě v průběhu 20. let 17. století zanikly.
Kdo chce najít další poučení o bratřích v Praze, může nahlédnout do starší i novější literatury:
Olga FEJTOVÁ: „A tak ne oni nás, ale my je zpravovati máme!“ Jednota bratrská v městech
pražských v době předbělohorské a rejstřík členů pražského sboru. Praha 2014
Ferdinand HREJSA: Betlémská kaple. O jejích dějinách a zachovaných zbytcích. Praha 1922
Ferdinand HREJSA: Bratrský kostel v Praze před r. 1620. In: Český bratr 6 (1929), s. 279‒280
Ferdinand HREJSA: Sborové Jednoty bratrské. Praha 1935
Jiří JUST: „Hned jsem k Vám dnes naschvalí poslíka svého vypravil.“ Kněžská korespondence
Jednoty bratrské z českých diecézí z let 1610–1618. Dolní Břežany-Praha 2011
Martin SVATOŠ: Smlouva o užívání Betlémské kaple z roku 1612. In: Vladimír Urbánek ‒ Lenka
Řezníková: Mezi Baltem a Uhrami. Komenský. Jednota bratrská a svět středoevropského
protestantismu. Sborník k poctě Marty Bečkové. Praha 2006, s. 209‒222
Nicolette MOUT: The International Calvinist Church of Prague, the Unity of Brethren and
Comenius 1609–1635, in: Acta Comeniana 4 [28] (1979), s. 65–77
Timoteus Č. ZELINKA: Husitskou Prahou. Praha 1955
Timoteus Č. ZELINKA: Jednota bratrská v Praze. In: Jednota bratrská 31 (1954), s. 14‒15